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链霉菌是原核生物。链霉菌是放线菌的一种，放线菌本身就是原核生物，所以链霉菌也是原核生物。三菌三体的放线菌、蓝细菌、细菌、衣原体、立克次氏体、支原体都是原核生物。

链霉菌是最高等的放线菌，是放线菌目的一科。基内菌丝不断裂，气生菌丝通常发育良好，会形成长(有时也会是短)的孢子丝。

链霉菌有发育良好的分支菌丝，菌丝没有横隔，分化为营养菌丝、气生菌丝以及65孢子丝。

链霉菌属的机内菌丝多分支，常常能够产生各种水溶性或者脂溶性色素。此外，孢囊放线菌也是链霉菌。